Ośrodek Biologii Strukturalnej Małopolskie Centrum Biotechnologii | Centrum Transferu Technologii CITTRU Uniwersytetu Jagiellońskiego

BAZA USŁUG BADAWCZYCH

Uniwersytetu Jagiellońskiego

Ośrodek Biologii Strukturalnej Małopolskie Centrum Biotechnologii

słowa kluczowe: choroby neuropsychiatryczne, działanie leków, białka, struktura białek, melanopsyna, peptydy bioaktywne, białka rekombinowane, lipidy

numer oferty: 96

tematyka badań:

Pracownia Proteomiki i Spektometrii Mas - badania nad molekularnym podłożem schorzeń neuropsychiatrycznych, analiza mechanizmów działania leków powszechnie stosowanych do leczenia tych chorób.
Pracownia Krystalografii Rentgenowskiej - badania powiązań struktury białek z ich funkcją biologiczną, oddziaływań białek i substancji małocząsteczkowych w obrębie tematyki nowotworzenia i patogenezy bakterii.
Pracownia Obrazowania i Spektroskopii Sił Atomowych – badania ukierunkowane na ustalenie fototoksycznego potencjału melanopsyny oraz identyfikacją najbardziej obiecujących strategii ochrony endogennie fotowrażliwych komórek zwojowych siatkówki przed niepożądaną fototoksycznością, stres świetlny i indukowany chemicznie modyfikuje nanomechaniczne właściwości komórek zawierających melanopsynę w warunkach in vitro.
Pracownia Preparatyki i Sekwencjonowania Peptydów - badania ukierunkowane na izolację oraz charakterystykę nowych peptydów bioaktywnych – ze szczególnym uwzględnieniem peptydów o działaniu przeciwdrobnoustrojowym.
Pracownia Produkcji Białek Rekombinowanych - badania produkcji białek rekombinowanych w bakteryjnych systemach ekspresyjnych, opracowywanie i optymalizacja systemów ekspresyjnych, w szczególności dedykowanych do produkcji rekombinowanych proteaz oraz białek toksycznych, poszukiwanie wydajnych promotorów ekspresji genów oraz zastosowanie układów toksyna-antytoksyna do stabilnej propagacji plazmidów w komórkach bakteryjnych oraz modulacji ekspresji genów w kierunku nadprodukcji białek rekombinowanych.
Pracownia Mikrokalorymetrii – badania wpływu substancji niskocząsteczkowych na parametry termodynamiczne przemian fazowych fosfolipidów oraz charakterystyki oddziaływań pomiędzy badanymi substancjami i lipidami w układach modelowych.

aparatura:

skaner fluorescencyjny Typhoon Trio+ (GE Healthcare);
wycinarka plamek – Ettan Spot Picker (GE Healthcare);
spektrometry masowe: microTOF-Q (Bruker) sprzężony z nanoHPLC - UltiMate 3000RS LC nanoSystem (Dionex) i Q-Exactive (Thermo) sprzężony z nanoHPLC - UltiMate 3000RS LC nanoSystem (Thermo);
dyfraktometr rentgenowski (RigakuMicroMax-007 HF) z detektorami - płytą obrazową (R-AXIS IV++) oraz detektorem CCD (Saturn – 944+);
utomatyczna stacja pipetująca (Phoenix RE);
konfokalna optyka rentgenowska (VariMax-HF);
aparatura do ekspresji, oczyszczania i analizy białek - systemy FPLC, wytrząsarki, spektrofotometry, wirówki;
mikroskop sił atomowych Bioscope Catalyst;
mikroskop AFM umożliwiającego ultra-szybkie skanowanie próbek z dużą rozdzielczością, typu FastScan firmy Bruker oraz modułu konfokalnego;
biokompatybilny zestaw HPLC Ultimate 3000 firmy Thermo;
automatyczny sekwenator peptydów i białek PPSQ-30 firmy Shimadzu;
komora laminarna;
spektrofotometr typu nano-drop;
wirówki, inkubatory oraz zestawy do elektroforezy kwasów nukleinowych i białek;
różnicowy Kalorymetr Skaningowy NANO DSC III (model 6300) z celą kapilarną (o objętości 0.3 ml;
izotermiczny Kalorymetr Miareczkujący NANO ITC 2G;chromatograf cieczowy serii HPLC 1200 Agilent Technologies.

usługi:

ułatwienie diagnozy i monitorowania skuteczności procesu leczenie depresji poprzez wykrycie białek związanych z wczesnym i późnym stadium oraz białek charakterystycznych dla wcześnej odpowiedzi i oporności na lek;
zastosowanie krystalografii rentgenowskiej jako metody wspomagającej przy projektowaniu nowych leków (opracowywanie struktur krystalograficznych białek „targetowych” w formie apo oraz w kompleksie z niskocząsteczkowymi inhibitorami; kokrystalizajca z fragmentami, fragment screening);
zastosowanie krystalografii rentgenowskiej w analizie preparatów biopochodnych do celów rejestracyjnych (opracowanie struktury preparatu wzorcowego oraz biopodobnego, porównanie struktur);
ustalenie wpływu przyżyciowego stresu oksydacyjnego na modyfikację nanomechanicznych właściwości komórek rakowych oraz wyjaśnienie zależności pomiędzy zdolnością do przerzutowania komórek a ich właściwościami reologicznymi;
identyfikacja modyfikacji potranslacyjnych (np. fosforylacji, sumoilacji, glikozylacji);
charakterystyka natywnych kompleksów białkowych;
analiza subproteomów w odniesieniu do mechanizmu działania leków;
charakterystyki proteomów różnych populacji komórek macierzystych oraz do opisu różnych procesów molekularnych komórek nowotworowych;
badania w dziedzinie rentgenografii makrocząsteczek biologicznych, określanie struktury 3D oraz powiązań struktury z funkcją;
opracowywanie struktur komplesków z niskocząsteczkowymi inhibitorami i „fragmentami” (ang. fragment screening);
opracowywanie struktur preparatów biopodobnych do celów rejestracyjnych;
oznaczanie składu lipidowego i cukrowego;
analiza ilościowa trójglicerydów, polimerów, surfaktantów i innych związków;
charakterystyka termotropowych przejść fazowych lipidów;
określanie wpływu zmian strukturalnych na stabilność cząsteczek i układów;
badania stabilności białek, kwasów nukleinowych, systemów micellarnych i błon biologicznych;
charakterystyka termodynamiczna oddziaływań małych cząsteczek, białek, przeciwciał, kwasów nukleinowych, lipidów i innych związków o charakterze biologicznym;
analiza ilościowa związków organicznych wykonywana metodą wysokosprawnej chromatografii cieczowej (HPLC) z detekcją DAD i/lub ELSD;
analizy składu aminokwasowego próbek białkowych i peptydowych;
oznaczenia sekwencji aminokwasowej N-końca białek i peptydów techniką degradacji Edmana.

Stosowane metody badawcze:

dyfrakcja rentgenowska;
spektrometria masowa;
mikroskopia sił atomowych;
sekwencjonowanie;
mokrokalorymetria skaningowa (DSC) i titracyjna (ITC);
ilościowe analizy porównawcze z wykorzystaniem metod proteomicznych: dwuwymiarowej różnicowej elektroforezy żelowej (2D-DIGE) oraz metod bezżelowych opartych na spektrometrii mas (zarówno znacznikowych jak i bezznacznikowych);
identyfikacja białek w kompleksach białkowych.

doświadczenie / referencje / realizacje:

określenie roli subpopulacji limfocytów T w depresji poprzez badania proteomiczne we krwi pacjentów;
charakterystyka molekularnego mechanizmu działania klozapiny na komórki PC12 z wykorzystaniem metod proteomicznych;
dwoista rola światła niebieskiego - interdyscyplinarne badanie wpływu krótkiej fali światła widzialnego na rytmikę okołodobową i neuronalne aspekty funkcjonowania poznawczego i emocjonalnego u ludzi oraz wpływu światła na degenerację i patologie siatkówki oka;
opracowanie struktur krystalograficznych białek „targetowych” w formie apo oraz w kompleksie z inhibitorami rozwijanymi;
analiza porównawcza preparatów biopodobnych do celów rejestracyjnych (porównanie wzorzec / preparat biopodobny);
pomiary krystalograficzne dla kryształów dostarczonych;
opracowanie aptamerycznych inhibitorów enzymów;
identyfikacja i badania czynników wpływających na wirulencję gronkowców z wykorzystaniem genomiki i proteomiki;
projekty własne obejmujące charakterystykę strukturalną kinaz o istotnej roli w procesach nowotworzenia, szlaku białka p53, bakteryjnych proteinaz o nieznanym mechanizmie katalizy oraz proteinaz gronkowcowych.

forma współpracy: usługi badawcze, konsorcjum, projekt, inne

rodzaj usług badawczych: pomiary, analiza, ekspertyza, wynajem aparatury